Am 19. März 1944 wurde Ungarn von Deutschland besetzt, da es als Verbündeter für das NS-Regime zu unsicher geworden war. Leiter des in Ungarn eingesetzten SS- und Polizeiapparates war der Höhere SS- und Polizeiführer SS-Obergruppenführer Otto Winkelmann. Für die Deportation der Jüdinnen und Juden aus Ungarn war das "Sondereinsatzkommando Eichmann“ (SEK) verantwortlich, das im März 1944 im KZ Mauthausen unter der Leitung von Adolf Eichmann zusammengestellt worden war. Die Angehörigen des SEK waren langjährige Mitarbeiter von Eichmann, unter ihnen Franz Novak, Siegfried Seidl, Ernst Girzick, Richard Hartenberger und Alfred Slawik. Im April 1944 wurden im ungarischen Innenministerium unter Anwesenheit von Eichmann die grundsätzlichen Richtlinien für die Konzentration aller ungarischen Jüdinnen und Juden in größeren Orten festgelegt. Bei der ab Mitte April 1944 in Nordostungarn und im Mai 1944 in Nordsiebenbürgen beginnenden Verhaftung und "Ghettoisierung“ der Jüdinnen und Juden wurden auch die Mitarbeiter von Eichmann eingesetzt. Anfang Mai 1944 wurde in Wien unter Teilnahme des "Transportspezialisten" Franz Novak eine Fahrplankonferenz abgehalten, welche die Routen und andere transporttechnische Einzelheiten des Deportationsprogramms festlegte. Die Deportation der ungarischen Jüdinnen und Juden in das Vernichtungslager Auschwitz begann in unmittelbarem Anschluss daran. Anfang Juli 1944 untersagte der ungarische Reichsverweser Miklós Horthy nach Interventionen seitens des Vatikans, der USA und Schwedens weitere Deportationen aus Ungarn. Eichmann setzte jedoch trotz dieses Verbots im Juli 1944 die Deportation von über 1.200 Menschen aus dem Lager Kistarcsa und die Deportation von 1.500 Internierten aus dem Lager Sárvár nach Auschwitz durch. Zwischen dem 14. Mai und 9. Juli 1944 wurden mehr als 430.000 ungarische Jüdinnen und Juden nach Auschwitz deportiert; etwa 75 Prozent von ihnen wurden sofort oder kurze Zeit nach ihrer Ankunft in Auschwitz in den Gaskammern ermordet. Siegfried Seidl war nach Beendigung seiner Beteiligung an der "Ghettoisierung“ in Ungarn bis 1945 Stellvertreter des Leiters der Wiener Dienststelle des SEK und somit für die im Juni und Juli 1944 beziehungsweise ab November 1944 nach Wien und Niederösterreich verschickten ungarischen Jüdinnen und Juden zuständig. Von Wien wurden noch im Herbst 1944 ungarische Jüdinnen und Juden deportiert.